高速冷凍離心機的操作流程：
1.設定使用溫度，通常為4℃后，先把離心陀放入離心艙中，注意離心陀要卡好軸心；關上艙門，離心艙的溫度開始下降，預冷時間要充足。
2.把樣本裝入適當的離心管，雙雙用天平平衡重量，蓋上離心管蓋子并旋緊。
注意離心管只裝七成滿，雖然加有蓋子，但也可能因離心力太強而外泄。 大部分離心管都附有蓋子，注意離心管的蓋子也要一起平衡。離心管通常都會放在碎冰上，注意取出平衡時，要把碎冰的液體擦拭干凈。落單的離心管要用另一只裝有清水的離心管平衡。
3.把平衡好的離心管對稱地放入離心陀中，蓋上離心陀的蓋子，注意有無旋緊。若離心陀的蓋子沒旋緊，離心時會掉出來，造成很大的傷害！
4.關上離心機艙門，在儀表板上調好所要的轉速與時間；例如：8000rpm、30min。注意所用轉速不能超過離心陀的限定，高轉速通常寫在離心陀上面，例如H-1850R高速冷凍離心機的高轉速為18500rpm，但若離心機太老舊，必須往下調降。轉速與時間設定盡量不要太高，例如能使7000rpm者就不要用8000rpm。
5.確定所有步驟無誤后，按"Start"按鈕開動，離心機漸漸加速，此時要密切監控，開始加速的時候危險，若發現聲音不對，或產生大震動，請立刻按“Stop”，且不可直接關電源。等到離心達到所要的轉速后，確定一切正常才可離去。
7.完成離心時，要等離心陀*靜止后，才能打開艙門；請盡快取出離心管，先觀察離心管是否*，以及沉淀的位置，快速把上清液倒出，小心不要把沉淀弄混濁。不管所要的是上清或沉淀，請取用干凈的燒杯收集上清，以免有失誤。傾倒上清要很小心，以免把沉淀一起倒出來；若不慎混在一起，就要重來一次。若離心管有漏，要找出原因，并且立刻清理離心陀或離心艙。
8.在兩次離心之間的空檔，不需取出離心陀，但蓋上艙門，勿讓熱空氣流入離心艙。
9.全部使用完畢后，取出離心陀清理，可以用自來水沖洗，并且倒放晾干。離心艙門要打開，等結冰融化后，再稍加擦拭及清理，若有液體漏出，要用清水洗之。也要回頭檢查平衡離心管的天平以及桌面，很容易弄臟，要仔細清理干凈才離開。
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